Zu drei großen Arbeitsphasen kommen die Musiker der Jungen Deutschen Philharmonie jährlich zusammen. Auf die Proben folgen eine Frühjahrstournee, eine Sommertournee und das traditionelle  1822-Neujahrskonzert in der Alten Oper Frankfurt. Ab Sommer 2011 findet zudem das Projekt Junge Klassik statt.

Aber nicht nur in allen großen Konzertsälen Europas ist das Orchester zu Gast. In verschiedenen Ensemble-Formationen spielen die Musiker auch bei Sonderprojekten wie bei der Kammeroper "Le vin herbé" bei der Ruhrtriennale 2007 unter der Leitung von Willy Decker oder im Rahmen des Kulturprogramms der Commerzbank Frankfurt mit einem Ensemble für alte Musik.